Protistes

Les Protistes unicellulaires dans la classification moderne

Les protistes unicellulaires sont des eucaryotes unicellulaires capables d’assurer, au sein d’une seule cellule, la nutrition, la reproduction et la locomotion ; ils possèdent un noyau et des organites intracellulaires et peuvent être autotrophes, hétérotrophes ou mixotrophes.
Ils présentent une organisation cellulaire complexe (noyau, mitochondries, parfois chloroplastes), des structures spécialisées pour la phagocytose, la photosynthèse ou la locomotion, des tailles variables (quelques µm à plusieurs centaines de µm) et des cycles de vie allant de la division simple à des cycles sexués et asexués.
Les anciens « protozoaires » sont répartis dans plusieurs grands clades d’eucaryotes modernes, notamment Amoebozoa, Opisthokonta (choanoflagellés et proches), SAR (Stramenopiles, Alveolata, Rhizaria), Archaeplastida, Excavata, CRuMs, Haptista et Cryptista ; le terme protiste reste utile pédagogiquement mais est paraphylétique en systématique.
Les protistes unicellulaires sont des producteurs primaires majeurs (ex. diatomées), des recycleurs de matière organique, des prédateurs microbien et des agents pathogènes importants (ex. Plasmodium, Giardia), jouant un rôle central dans les cycles biogéochimiques et les réseaux trophiques aquatiques. Quelques groupes :
Amoebozoa → Amoeba ; Alveolata → Paramecium, Plasmodium ; Stramenopiles → diatomées, algues brunes ; Archaeplastida → Chlorella ; Excavata → Giardia, Trypanosoma...

Les «protistes» ne forment plus un règne monophylétique en classification moderne: c’est une catégorie fonctionnelle et pédagogique qui regroupe des eucaryotes unicellulaires répartis dans plusieurs grands clades phylogénétiques.
Protistes désigne historiquement les eucaryotes unicellulaires (ou simples multicellulaires) qui ne sont ni animaux, ni plantes, ni champignons. Le terme reste d’usage courant en écologie et en enseignement, mais il est paraphylétique et obsolète comme taxon formel : les lignées autrefois regroupées sous Protista appartiennent à des clades distincts identifiés par la phylogénie moléculaire.
On retrouve les anciens «protozoaires» et autres protistes dans plusieurs grands ensembles d’eucaryotes reconnus aujourd’hui : SAR (Stramenopiles, Alveolata, Rhizaria), Archaeplastida, Amoebozoa, Opisthokonta (pour certains protistes proches des animaux/champignons), Excavata, CRuMs, Haptista/Cryptista, ainsi que quelques petits groupes comme Telonemia. Ces clades sont considérés comme monophylétiques ou en cours d’affinement par analyses génomiques.
Terminologie: employer protiste reste utile pour décrire un mode de vie (unicellulaire, autotrophe/hétérotrophe/mixotrophe) mais il faut préciser le clade pour parler d’évolution ou de parenté. Recherche et classification : les études phylogénomiques redistribuent les espèces selon leur histoire évolutive réelle, ce qui a conduit à reconnaître des lignées équivalentes à des «règnes» ou super‑groupes modernes.
Les protistes (au sens large) sont cruciaux pour les écosystèmes aquatiques: diatomées et autres algues unicellulaires assurent une part importante de la production primaire marine, tandis que ciliés, amibes et rhizaires recyclent la matière organique et contrôlent les populations microbiennes ; certains protistes sont aussi des pathogènes humains et animaux (ex. Plasmodium, Giardia).
La phylogénie des eucaryotes continue d’évoluer : la composition exacte de certains super‑groupes (ex. relations entre Pancryptista et Archaeplastida, position de CRuMs) reste étudiée et sujette à révision au fur et à mesure des données génomiques. En pratique, il vaut mieux nommer le clade (ex. Alveolata, Rhizaria) plutôt que d’utiliser protiste pour des questions phylogénétiques.

Clades	Espèces representatives	Description
Amoebozoa (env. 2.400 esp) 1. Distribution géographique 2. Habitat 3. Description et particularités 4. Dangerosité et parasitisme 5. Groupes principaux des Amoebozoa	Amoeba proteus — amibe géante des étangs Chaos carolinense — amibe géante multinucléée Arcella vulgaris — thèque brune des marais Difflugia oblonga — difflugie oblongue Pelomyxa palustris — pelomyxa des marais Vannella simplex — vannelle simple Acanthamoeba castellanii — acanthamibe Dictyostelium discoideum — dictyostèle social	Les Amoebozoa sont présents partout dans le monde : eaux douces, eaux marines, sols humides, mousses, litières forestières, et même milieux terrestres secs. Certaines espèces vivent comme symbiontes ou parasites dans d’autres organismes. Leur distribution est cosmopolite, couvrant tous les continents et tous les types d’habitats. Ils occupent les milieux aquatiques (lacs, rivières, mares, océans), les sols riches en matière organique, les mousses, les débris végétaux, et les micro‑habitats humides. Les formes libres sont très communes dans les sols et eaux stagnantes, tandis que les formes parasites vivent dans les tissus animaux ou intestinaux. Les Amoebozoa sont des protistes amiboïdes caractérisés par des lobopodes (pseudopodes arrondis), un endoplasme granuleux et un ectoplasme clair. Beaucoup sont unicellulaires, mais certains (myxomycètes) forment des plasmodia géants visibles à l’œil nu. Taille très variable : 10–20 µm pour les plus petits, jusqu’à 800 µm pour Amoeba proteus, et plusieurs millimètres pour des géants comme Chaos ou Pelomyxa. Certains possèdent une vacuole contractile, d’autres une coque (test), et quelques espèces ont même des flagelles. La majorité des Amoebozoa est inoffensive, vivant librement dans les sols et les eaux, mais plusieurs lignées sont pathogènes. Les Entamoeba comptent E. histolytica, responsable de l’amibiase, infection intestinale parfois grave. Les Acanthamoeba provoquent des infections opportunistes, notamment des kératites sévères chez les porteurs de lentilles. Les myxomycètes (Eumycetozoa) ne sont pas dangereux mais peuvent devenir envahissants dans les milieux humides. Le phylum regroupe donc des parasites intestinaux, des pathogènes opportunistes, mais aussi une immense majorité d’espèces libres, essentielles au fonctionnement des sols et des écosystèmes aquatiques. Les Amoebozoa se divisent en plusieurs grands clades morphologiques et écologiques. Les Tubulinea regroupent les amibes à lobopodes tubulaires, souvent libres. Les Discosea sont des formes aplatis, adaptées aux substrats. Les Evosea rassemblent des lignées variées, dont les myxomycètes. Les Conosa incluent les Archamoebae, formes anaérobies, souvent parasites, dépourvues de mitochondries classiques. Les Archamoebae comprennent des espèces intestinales comme Entamoeba. Les Eumycetozoa regroupent les myxomycètes, organismes capables de former des plasmodia multicellulaires. Ces clades illustrent la diversité morphologique, écologique et évolutive du phylum Amoebozoa.
Obazoa (env. 350 esp) 1. Distribution géographique 2. Habitat 3. Description et particularités 4. Dangerosité et parasitisme 5. Groupes principaux des Obazoa	Monosiga brevicollis — monosiga à collerette Salpingoeca rosetta — salpingoèque en rosette Codosiga botrytis — codosiga botrytis Proterospongia haeckelii — protérosponge de Haeckel Sphaeroforma arctica — sphaéroforme arctique Creolimax fragrantissima — créolimax fragrantissime Ichthyophonus hoferi — ichtyophonus de Hofer Dermocystidium salmonis — dermocystidium du saumon	Les Obazoa regroupent des lignées eucaryotes présentes partout dans le monde, dans les milieux aquatiques, sols humides, sédiments, zones marines, et dans les organismes vivants pour les formes parasites. Leur distribution est cosmopolite, couvrant tous les continents, des eaux douces aux océans, en passant par les sols forestiers et les milieux anaérobies. Les Obazoa occupent des habitats très variés : eaux stagnantes, sols riches en matière organique, milieux marins, zones humides, micro‑habitats anaérobies, et les tissus animaux pour les formes parasitaires. Les lignées libres vivent dans les sols, sédiments, biofilms, et les milieux aquatiques, tandis que les lignées parasitaires colonisent les intestins, tissus, ou organes de divers hôtes. Les Obazoa forment un super‑groupe eucaryote comprenant des organismes très divers : amibes, champignons, animaux, et lignées proches. Ils se caractérisent par des formes unicellulaires ou multicellulaires, des pseudopodes chez les lignées amiboïdes, des structures fongiques chez les Holomycota, et des cellules flagellées chez les choanoflagellés. Les Nucleariida, étudiés dans les sources , sont des amibes proches des champignons, montrant la transition évolutive entre formes amiboïdes et fongiques. Les Obazoa sont essentiels pour comprendre l’évolution des animaux, champignons, et protistes amiboïdes. La dangerosité dépend des lignées internes. Les Archamoebae incluent des formes anaérobies parfois parasites, comme Entamoeba, responsable de l’amibiase. Les Holomycota comprennent les champignons pathogènes (mycoses). Les Holozoa incluent des parasites animaux (ex. Ichthyosporea). Les Nucleariida, eux, sont non pathogènes, vivant librement dans les sols et les eaux . Le super‑groupe Obazoa rassemble donc des protistes libres, des champignons, des parasites, et des formes opportunistes, avec une dangerosité très variable selon le clade. Les Obazoa se divisent en trois grands ensembles évolutifs. Les Opisthokonta regroupent les animaux, les champignons, les choanoflagellés et les ichthyosporeans, formant la lignée qui mène directement aux métazoaires. Les Amoebozoa rassemblent les amibes à lobopodes, les myxomycètes et les archamoebae, incluant des formes libres, anaérobies ou parasites. Les Apusomonadida sont des protistes flagellés libres, fréquents dans les sols, biofilms et milieux aquatiques. Les Nucleariida, intégrés aux Holomycota, sont des amibes proches des champignons, illustrant la transition évolutive entre formes amiboïdes et fongiques. Ces trois ensembles représentent la diversité profonde du super‑groupe Obazoa, reliant dans une même lignée ancestrale les protistes, les champignons et les animaux.
Excavata (env. 2.000 esp) 1. Distribution géographique 2. Habitat 3. Description et particularités 4. Dangerosité et parasitisme 5. Groupes principaux des Excavata	Euglena gracilis — euglène gracile Trypanosoma brucei — trypanosome de Bruce Leishmania donovani — leishmanie de Donovani Giardia intestinalis — giardie intestinale Trichomonas vaginalis — trichomonas vaginal Naegleria gruberi — naeglerie gruberi Percolomonas cosmopolitus — percolomonas cosmopolite Jakoba libera — jakoba libre	Les Excavata sont présents partout dans le monde : eaux douces, milieux marins, sols, sédiments, et intestins ou tissus pour les formes parasites. Ils occupent des environnements très variés, des habitats aquatiques aux milieux anaérobies comme les intestins de mammifères (ex. Giardia lamblia) . Ils vivent dans les eaux stagnantes, rivières, lacs, océans, sols riches en matière organique, biofilms, et les milieux pauvres en oxygène. Les parasites colonisent les systèmes digestifs ou uro‑génitaux (Giardia, Trichomonas) . Les Excavata sont des protistes unicellulaires flagellés, souvent asymétriques, possédant un sillon ventral excavé utilisé pour l’alimentation. Beaucoup sont hétérotrophes, certains photosynthétiques (Euglenozoa), d’autres anaérobies avec des mitochondries réduites (mitosomes, hydrogenosomes) ou modifiées. Plusieurs lignées ont 2 à 4 flagelles, parfois davantage. Les mitochondries peuvent être tubulaires, discoïdales ou laminaires selon le clade. Quelques groupes (Acrasidae) présentent une multicellularité limitée . Plusieurs Excavata sont pathogènes majeurs. Giardia intestinalis est un parasite intestinal provoquant la giardiase, entraînant des diarrhées sévères. Trichomonas vaginalis infecte le système urogénital et cause la trichomonase, une infection sexuellement transmissible très répandue. Trypanosoma brucei est l’agent de la maladie du sommeil, une trypanosomiase africaine grave. Naegleria fowleri, amibe libre, provoque une méningo‑encéphalite amibienne rare mais presque toujours mortelle. Le groupe comprend donc des parasites intestinaux, uro‑génitaux, sanguins, ainsi que des amibes pathogènes, mais aussi une grande diversité d’espèces libres, aquatiques ou du sol, totalement inoffensives. Les Excavata se répartissent en trois grands clades. Les Discoba regroupent les euglenozoaires (dont Euglena et Trypanosoma), les hétérolobosés (comme Naegleria) et les jakobides, dont les mitochondries sont parmi les plus primitives connues chez les eucaryotes. Les Metamonada comprennent les diplomonades (Giardia), les parabasalides (Trichomonas) et divers flagellés anaérobies dotés de mitochondries réduites (mitosomes, hydrogenosomes). Les Malawimonadida sont de petits flagellés libres, rares, considérés comme proches de l’état ancestral des eucaryotes. Ces trois ensembles illustrent la diversité morphologique, métabolique et évolutive des Excavata, un groupe paraphylétique mais crucial pour comprendre les origines des eucaryotes et l’évolution des organites mitochondriaux.
Archaeplastida (env. 13.000 esp) 1. Distribution géographique 2. Habitat 3. Description et particularités 4. Dangerosité et parasitisme 5. Groupes principaux des Archaeplastida	Chlamydomonas reinhardtii — chlamydomonas de Reinhardt Chlorella vulgaris — chlorelle commune Micrasterias radiata — micrastérie rayonnée Volvox aureus — volvox doré Porphyridium purpureum — porphyridium pourpre Galdieria sulphuraria — galdierie sulfurée Cyanophora paradoxa — cyanophore paradoxale Glaucocystis nostochinearum — glaucocystis nostochinéaire	Les Archaeplastida unicellulaires (glaucophytes, algues rouges unicellulaires, algues vertes unicellulaires) sont cosmopolites. Les glaucophytes sont rares et limitées à quelques lacs et étangs d’eau douce. Les algues rouges unicellulaires vivent surtout dans les mers tropicales et tempérées. Les algues vertes unicellulaires sont présentes partout : eaux douces, mers, sols humides, rochers, glaces, milieux extrêmes. Les protistes Archaeplastida occupent les eaux douces (glaucophytes, chlorophytes), les milieux marins (rhodophytes unicellulaires), les sols humides, les biofilms, les zones intertidales, les glaciers, et les milieux oligotrophes. Certains vivent en symbiose dans les lichens ou dans des micro‑habitats extrêmes. Les protistes Archaeplastida sont des eucaryotes photosynthétiques possédant des chloroplastes issus d’une endosymbiose primaire avec une cyanobactérie. Les glaucophytes conservent des cyanelles, chloroplastes primitifs avec paroi de peptidoglycane. Les rhodophytes unicellulaires possèdent des phycobiliprotéines donnant des teintes rouges ou violettes. Les chlorophytes unicellulaires utilisent la chlorophylle a et b, donnant la couleur verte. Taille variable : de 3–5 µm (picoplancton) à 50–100 µm pour certaines formes complexes. Beaucoup présentent des formes sphériques, ovales, lobées, parfois flagellées (ex. Chlamydomonas). Les protistes Archaeplastida sont non parasitaires et non pathogènes pour l’humain. Quelques rhodophytes peuvent produire des toxines marines lors de proliférations, mais cela reste rare. Certaines chlorophytes peuvent provoquer des blooms entraînant une eutrophisation, mais ce n’est pas un parasitisme. Aucun Archaeplastida unicellulaire n’est parasite d’animaux ou d’humains. Les protistes unicellulaires Archaeplastida appartiennent à trois grands ensembles : Glaucophyta — algues unicellulaires primitives à cyanelles, très rares, uniquement en eaux douces.Rhodophyta (formes unicellulaires) — algues rouges unicellulaires, surtout marines, pigments phycobiliprotéiques.Chlorophyta (formes unicellulaires) — algues vertes unicellulaires, très diversifiées, présentes dans eaux douces, mers, sols, glaces. Les Streptophyta ne sont pas inclus ici car leurs représentants unicellulaires sont rares et surtout liés aux lignées menant aux plantes terrestres.
SAR (env.55.000 esp) 1. Distribution géographique 2. Habitat 3. Description et particularités 4. Dangerosité et parasitisme 5. Groupes principaux des SAR	Thalassiosira pseudonana — diatomée marine Phaeodactylum tricornutum — diatomée tricornue Noctiluca scintillans — noctiluque scintillante Alexandrium minutum — dinoflagellé toxique Paramecium caudatum — paramécie caudée Globigerina bulloides — foraminifère globigérine Collozoum inerme — radiolaire collozoum Euglypha rotunda — thécamibe rotunda	Les SAR unicellulaires (Stramenopiles, Alveolata, Rhizaria) sont cosmopolites. Les stramenopiles unicellulaires (diatomées, chrysophytes) dominent les océans, les mers froides, les lacs et les rivières. Les alveolates unicellulaires (dinoflagellés, ciliés, apicomplexés) sont présents dans les mers tropicales, les eaux douces, les sols, et les organismes hôtes pour les formes parasites. Les rhizaires unicellulaires (foraminifères, radiolaires, cercozoaires) sont surtout marins, très abondants dans le plancton mondial. Les protistes SAR occupent les milieux marins (foraminifères, radiolaires, diatomées, dinoflagellés), les eaux douces (ciliés, chrysophytes), les sols (cercozoaires), les sédiments, les zones intertidales, et les tissus animaux pour les apicomplexés. Ils sont présents dans les zones photiques, les profondeurs abyssales, les marécages, les estuaires, et les biofilms. Les SAR regroupent trois grandes lignées de protistes unicellulaires. Les Stramenopiles possèdent souvent des flagelles à mastigonèmes, des chloroplastes secondaires, et incluent les diatomées à frustule siliceux. Les Alveolata possèdent des alvéoles sous‑membranaires ; les dinoflagellés ont des plaques cellulosiques, les ciliés des cils organisés, et les apicomplexés un complexe apical pour l’infection. Les Rhizaria présentent des pseudopodes fins (filopodes), des tests perforés (foraminifères), ou des squelettes siliceux (radiolaires). Taille variable : de 2–5 µm (picoplancton) à 300–500 µm pour certains foraminifères. Les SAR comptent plusieurs protistes pathogènes. Les apicomplexés incluent Plasmodium (paludisme), Toxoplasma (toxoplasmose), Eimeria (coccidioses). Certains dinoflagellés produisent des toxines marines (marées rouges). Quelques ciliés sont commensaux ou parasites de poissons. Les rhizaires sont presque tous inoffensifs, mais essentiels au plancton et au cycle du carbone. Les stramenopiles unicellulaires sont majoritairement non pathogènes, sauf quelques oomycètes (mais ceux‑ci ne sont pas unicellulaires stricts). Les protistes unicellulaires SAR appartiennent à trois grands ensembles : Stramenopiles — diatomées, chrysophytes, synurophytes, bicosoecides ; flagelles à mastigonèmes, frustules siliceux, photosynthèse secondaire. Alveolata — dinoflagellés, ciliés, apicomplexés ; alvéoles sous‑membranaires, cils, plaques cellulosiques, complexe apical. Rhizaria — foraminifères, radiolaires, cercozoaires ; pseudopodes fins, tests perforés, squelettes siliceux. Ces trois ensembles représentent la plus grande diversité de protistes unicellulaires connue, occupant tous les milieux aquatiques et jouant un rôle majeur dans la production primaire, le plancton, et les cycles biogéochimiques.
Haptista (env. 2.000 esp) 1. Distribution géographique 2. Habitat 3. Description et particularités 4. Dangerosité et parasitisme 5. Groupes principaux des Haptista	Emiliania huxleyi — coccolithe d’Huxley Gephyrocapsa oceanica — géphyrocapsa océanique Phaeocystis globosa — phaeocystis globuleuse Isochrysis galbana — isochrysis galbana Chrysochromulina polylepis — chrysochromulina polylepis Rhabdosphaera clavigera — rhabdosphaera clavigère Centrohelix raphidion — centrohelix raphidion Acanthocystis turfacea — acanthocystis turfacea	Les Haptista unicellulaires (Haptophytes + Centrohelida) sont cosmopolites. Les haptophytes dominent les océans du globe, des eaux tropicales aux mers froides, et forment une part majeure du phytoplancton marin. Les centrohelides sont présents dans les eaux douces, les mares, les tourbières, les sols humides, et parfois dans les milieux marins côtiers. Leur distribution couvre tous les continents et toutes les zones climatiques. Les Haptista occupent les milieux aquatiques : océans, mers, lacs, étangs, rivières, sols saturés d’eau, biofilms. Les haptophytes vivent surtout dans la zone photique des océans, où ils réalisent la photosynthèse. Les centrohelides préfèrent les eaux douces stagnantes, les substrats humides, et les micro‑habitats benthiques. Certains vivent en plancton, d’autres sur les surfaces végétales ou dans les sédiments. Les Haptista regroupent deux grands types de protistes unicellulaires. Les Haptophytes sont des microalgues photosynthétiques possédant un haptonème, structure filamenteuse unique servant à la capture de particules ou à l’adhésion. Beaucoup produisent des coccolithes, plaques calcaires formant des coquilles microscopiques (ex. Emiliania huxleyi). Les Centrohelida sont des amibes à axopodes rayonnants, soutenus par des microtubules, souvent entourées de spicules siliceux ou de capsules organiques. Taille variable : de 3–10 µm pour les haptophytes à 20–80 µm pour les centrohelides. Les Haptista jouent un rôle majeur dans la production primaire marine et la formation des sédiments calcaires. Les Haptista unicellulaires sont non pathogènes pour l’humain. Les haptophytes sont des microalgues bénéfiques, essentielles au phytoplancton et au cycle du carbone. Quelques espèces peuvent provoquer des blooms marins, mais sans toxicité notable. Les centrohelides sont entièrement inoffensifs, vivant librement dans les eaux et les sols. Aucun Haptista unicellulaire n’est parasite d’animaux ou d’humains. Les Haptista se divisent en deux grands ensembles : Haptophyta — microalgues photosynthétiques, haptonème, coccolithes, très abondantes dans les océans. Centrohelida — amibes à axopodes, squelettes siliceux ou organiques, surtout en eaux douces. Ces deux groupes représentent une diversité morphologique et écologique importante, reliant des microalgues marines à des amibes rayonnantes, toutes issues d’une lignée eucaryote unique.
Cryptista (env. 1.000 esp) 1. Distribution géographique 2. Habitat 3. Description et particularités 4. Dangerosité et parasitisme 5. Groupes principaux des Cryptista	Cryptomonas ovata — cryptomonas ovale Rhodomonas salina — rhodomonas saline Hemiselmis rufescens — hémiselmis rougeâtre Teleaulax amphioxeia — téléaulax amphioxeia Goniomonas avonlea — goniomonas avonlea Katablepharis japonica — katablepharis japonaise Palpitomonas bilix — palpitomonas bilix Hillea marina — hillea marine	Les Cryptista unicellulaires (cryptophytes, katablepharids, Palpitomonas, Goniomonas, Hillea) sont cosmopolites. Les cryptophytes dominent les eaux marines froides, les mers tempérées, les lacs, les étangs, et les rivières. Les katablepharids sont présents dans les eaux côtières, les estuaires, et les milieux saumâtres. Les lignées comme Goniomonas et Palpitomonas vivent dans les eaux douces, les sols humides, et les biofilms. Leur distribution couvre tous les continents et la majorité des écosystèmes aquatiques. Les Cryptista occupent les milieux aquatiques : océans, mers, lacs, rivières, zones intertidales, sols saturés d’eau, sédiments, biofilms. Les cryptophytes vivent dans la zone photique, souvent en plancton. Les katablepharids préfèrent les eaux côtières et les estuaires. Les Goniomonas et Palpitomonas se trouvent dans les eaux douces, les micro‑habitats benthiques, et les substrats humides. Les Cryptista regroupent des protistes unicellulaires très divers. Les Cryptophytes sont des microalgues photosynthétiques possédant des chloroplastes secondaires avec nucléomorphes, reliques d’un ancien eucaryote endosymbiotique. Leur cellule est souvent asymétrique, avec deux flagelles et un pocket ventral. Les Katablepharids sont des protistes hétérotrophes, dépourvus de chloroplastes, dotés de flagelles et d’un appareil d’ingestion. Les Goniomonas sont des prédateurs unicellulaires de bactéries. Palpitomonas est une lignée rare, à morphologie simple, considérée comme proche de l’état ancestral du groupe. Taille variable : de 5–10 µm pour les cryptophytes à 15–25 µm pour certaines formes hétérotrophes. Les Cryptista unicellulaires sont inoffensifs pour l’humain. Les cryptophytes sont des microalgues bénéfiques, essentielles au phytoplancton et à la production primaire. Aucun katablepharid, Goniomonas, Hillea, ou Palpitomonas n’est parasite d’animaux ou d’humains. Quelques cryptophytes peuvent participer à des blooms aquatiques, mais sans toxicité notable. Le groupe est donc non pathogène, composé de protistes libres, photosynthétiques ou bactériophages. Les Cryptista se divisent en trois grands ensembles : ryptophyta — microalgues photosynthétiques, chloroplastes secondaires, nucléomorphes, deux flagelles. Katablepharida — protistes hétérotrophes, flagellés, appareil d’ingestion, souvent marins ou saumâtres. Palpitomonadida — lignées unicellulaires simples, proches de l’état ancestral, incluant Palpitomonas. On y rattache aussi des genres importants comme Goniomonas (prédateurs bactériophages) et Hillea (formes marines planctoniques). Ces ensembles représentent la diversité morphologique et écologique des Cryptista, un groupe clé pour comprendre l’évolution des chloroplastes secondaires et des protistes aquatiques.
CRuMs (env. 20 esp) 1. Distribution géographique 2. Habitat 3. Description et particularités 4. Dangerosité et parasitisme 5. Groupes principaux des CRuMs	Collodictyon triciliatum — collodictyon tricilié Collodictyon sparsevacuolatum — collodictyon à vacuoles rares Diphylleia rotans — diphylleia tournoyante Rigifila ramosa — rigifile rameuse Micronuclearia podoventralis — micronucléaire podoventrale Mantamonas plastica — mantamonas plastique Mantamonas vickermani — mantamonas de Vickerman Mantamonas sphyra — mantamonas sphérique	Les CRuMs (Collodictyonidae + Rigifilida + Mantamonas) sont cosmopolites mais rares, présents dans les eaux douces froides, les lacs oligotrophes, les rivières, les tourbières, et certains sols humides. On les trouve surtout dans les régions tempérées à boréales : Europe du Nord, Amérique du Nord, Asie. Leur distribution est discontinue, liée à des micro‑habitats très spécifiques. Les CRuMs vivent dans des milieux aquatiques pauvres en nutriments : eaux douces froides, zones humides acides, sédiments légers, biofilms, micro‑habitats benthiques. Ils préfèrent les eaux stagnantes ou faiblement courantes, souvent riches en matière organique dissoute. Quelques espèces sont observées dans les sols saturés d’eau ou les mousses humides. Les CRuMs sont des protistes unicellulaires amibo‑flagellés très primitifs. Ils possèdent des pseudopodes lobés ou irréguliers, parfois un flagelle unique ou deux, et une morphologie plastique. Les Collodictyonidae ont un corps ovale, plusieurs pseudopodes et un appareil d’ingestion interne. Les Rigifilida sont aplatis, avec des filopodes rigides. Les Mantamonas sont de petites formes glissantes, à flagelle unique, très mobiles. Taille variable : 10–30 µm, parfois plus. Leur particularité majeure : ils appartiennent à une lignée profonde des eucaryotes, proche de la base du groupe Amorphea, ce qui en fait des organismes clés pour comprendre l’évolution des premiers eucaryotes. Les CRuMs sont totalement inoffensifs pour l’humain. Aucun n’est parasite, pathogène, ou impliqué dans des maladies. Ce sont des protistes libres, souvent bactériophages ou microphages, jouant un rôle discret mais important dans les réseaux trophiques des eaux douces. Aucun bloom, aucune toxicité, aucune interaction négative connue. Les CRuMs se divisent en trois ensembles : Collodictyonidae — amibes flagellées primitives, corps ovale, pseudopodes multiples, ingestion interne (ex. Collodictyon triciliatum. Rigifilida — protistes aplatis, filopodes rigides, formes discrètes des sédiments (ex. Rigifila ramosa). Mantamonas — petites formes glissantes, flagelle unique, locomotion rapide (ex. Mantamonas plastica, M. vickermani, M. sphyra). Ces trois groupes représentent une lignée eucaryote profonde, rare, discrète, mais essentielle pour comprendre les origines des amibes, des opisthokontes, et des Amoebozoa.