Champignons en France

Clades en France	Espèces représentatives	Description
Chytridiomycètes (env 110 esp) 1. Présence en France et en Aquitaine 2. Taille et habitat en France 3. Prédateurs 4. Variétés et nombre d'espèces en France 5. Statut en France des Chytridiomycètes 6. Comestibles ou vénéneux	Rhizophydium globosum — chytride globuleuse Chytridium olla — chytride commune Spizellomyces punctatus — spizellomyces ponctué Batrachochytrium dendrobatidis — chytride des amphibiens Synchytrium endobioticum — chytride de la pomme de terre Olpidium brassicae — olpidium des crucifères Rhizophlyctis rosea — rhizophlyctis rose Nowakowskiella elegans — nowakowskiella élégante	Les Chytridiomycètes sont présents dans toute la France, mais passent souvent inaperçus car ce sont des champignons microscopiques vivant dans l’eau ou les sols humides ; on les trouve dans les mares, flaques temporaires, tourbières, fossés forestiers, étangs, sols acides, litières décomposées et même dans les intestins de certains invertébrés ; en Aquitaine, ils sont bien représentés dans les zones humides atlantiques, les landes détrempées, les tourbières relictuelles, les mares forestières, les fossés sableux et les zones marécageuses du Médoc, où ils jouent un rôle important dans la décomposition et les cycles nutritifs. Les Chytridiomycètes français sont microscopiques, mesurant généralement 5 à 50 µm, parfois un peu plus pour les thalles développés ; ils colonisent les eaux stagnantes, les sols humides, les débris végétaux, les algues, les pollens, les protozoaires et même certains invertébrés aquatiques ; plusieurs espèces sont parasites d’algues, de diatomées, de nématodes ou d’amphibiens, tandis que d’autres sont saprophytes et participent à la décomposition de la matière organique. Les prédateurs des Chytridiomycètes sont principalement des micro‑organismes : protozoaires, rotifères, nématodes, collemboles, ainsi que certains micro‑arthropodes du sol ; dans les milieux aquatiques, des zooplanctons comme les cladocères peuvent consommer leurs spores ; globalement, leur petite taille et leur reproduction rapide compensent largement la prédation. Les Chytridiomycètes en France regroupent environ 150 à 200 espèces connues, mais ce nombre est probablement sous‑estimé car beaucoup d’espèces sont difficiles à détecter ; les genres les plus représentés sont Rhizophydium, Chytridium, Olpidium, Spizellomyces, Batrachochytrium et Rhizoclosmatium ; la diversité est particulièrement élevée dans les milieux aquatiques acides, les sols forestiers humides et les tourbières. Le statut des Chytridiomycètes en France est paradoxal : en tant que groupe, ils ne sont pas considérés comme menacés, mais certaines espèces sont hautement problématiques, notamment Batrachochytrium dendrobatidis, responsable de la chytridiomycose des amphibiens, classée parmi les maladies les plus destructrices de la biodiversité mondiale ; d’autres espèces sont mal connues et non évaluées ; les principales menaces pour les espèces non pathogènes sont la pollution, la disparition des zones humides, l’acidification ou au contraire l’eutrophisation, et les modifications hydriques liées au changement climatique ; globalement, le groupe reste très mal étudié et largement sous‑inventorié. Les Chytridiomycètes ne sont ni comestibles ni utilisés comme aliments, car ce sont des champignons microscopiques, invisibles à l’œil nu, vivant dans l’eau ou les sols humides ; ils ne produisent aucun sporophore, aucun carpophore, ni aucune structure consommable ; la plupart sont inoffensifs pour l’humain, mais certains sont pathogènes, notamment Batrachochytrium dendrobatidis et B. salamandrivorans, responsables de maladies mortelles chez les amphibiens ; ils ne sont pas toxiques pour l’homme par ingestion, mais ne présentent aucun intérêt alimentaire, et certaines espèces sont considérées comme dangereuses pour la faune sauvage, ce qui les place dans la catégorie des champignons non comestibles et potentiellement pathogènes.
Blastocladiomycètes (env 15 esp) 1. Présence en France et en Aquitaine 2. Taille et habitat en France 3. Prédateurs 4. Variétés et nombre d'espèces en France 5. Statut en France des Blastocladiomycètes 6. Comestibles ou vénéneux	Allomyces arbusculus — allomyces arbusculé Allomyces macrogynus — allomyces macrogynus Blastocladiella britannica — blastocladiella britannique Blastocladiella variabilis — blastocladiella variable Catenaria anguillulae — catenaria des nématodes Coelomomyces psorophorae — coelomomyces des moustiques Physoderma maydis — physoderme du maïs Physoderma alfalfae — physoderme de la luzerne	Les Blastocladiomycètes sont présents dans toute la France, mais passent inaperçus car ce sont des champignons aquatiques ou semi‑aquatiques microscopiques ; on les trouve dans les mares, fossés forestiers, tourbières, rivières lentes, sols saturés en eau, débris végétaux en décomposition et parfois dans les intestins d’invertébrés ; en Aquitaine, ils sont bien représentés dans les landes humides, les tourbières relictuelles, les mares forestières, les zones marécageuses du Médoc, les sources acides et les fossés sableux, où ils jouent un rôle important dans la décomposition et les cycles nutritifs. Les Blastocladiomycètes français sont microscopiques, mesurant généralement 10 à 80 µm, parfois plus pour les thalles développés ; ils colonisent les eaux stagnantes, les sols humides, les débris végétaux, les algues, les protozoaires et certains invertébrés aquatiques ; plusieurs espèces sont parasites d’algues, de nématodes ou d’insectes, tandis que d’autres sont saprophytes et participent à la décomposition de la matière organique dans les milieux humides. Les prédateurs des Blastocladiomycètes sont principalement des micro‑organismes : protozoaires, rotifères, nématodes, collemboles, ainsi que certains micro‑arthropodes du sol ; dans les milieux aquatiques, des organismes du zooplancton peuvent consommer leurs spores ; leur petite taille et leur reproduction rapide compensent largement la prédation. Les Blastocladiomycètes en France regroupent environ 40 à 60 espèces connues, mais ce nombre est probablement sous‑estimé car beaucoup d’espèces sont difficiles à détecter ; les genres les plus représentés sont Blastocladiella, Allomyces, Coelomomyces (parasites d’insectes), Catenaria et Physoderma ; la diversité est plus élevée dans les milieux aquatiques acides, les sols forestiers humides et les tourbières. Le statut des Blastocladiomycètes en France est mal connu : le groupe n’est pas considéré comme menacé, mais il est très peu étudié et largement sous‑inventorié ; certaines espèces parasites d’insectes aquatiques ou de nématodes sont sensibles à la pollution, à la disparition des zones humides, au drainage, à l’eutrophisation et aux modifications hydriques liées au changement climatique ; aucune espèce n’est officiellement protégée, mais plusieurs sont probablement en déclin dans les milieux humides dégradés. Les Blastocladiomycètes ne sont ni comestibles ni utilisés comme aliments, car ce sont des champignons microscopiques, sans sporophore ni structure consommable ; ils ne sont pas toxiques pour l’humain par ingestion, mais certaines espèces sont pathogènes pour les invertébrés (notamment les moustiques et certains crustacés) ; ils sont donc classés parmi les champignons non comestibles, sans intérêt alimentaire, et parfois pathogènes dans les écosystèmes aquatiques.
Zoopagomycocètes (env 60 esp) 1. Présence en France et en Aquitaine 2. Taille et habitat en France 3. Prédateurs 4. Variétés et nombre d'espèces en France 5. Statut en France des Zoopagomycocètes 6. Comestibles ou vénéneux	Zoophagus insidians — zoophagus insidieux Stylopage hadra — stylopage hadra Acaulopage tetraceros — acaulopage tétracéros Acaulopage rhaphidospora — acaulopage rhaphidospore Piptocephalis cylindrospora — piptocephalis cylindrospore Piptocephalis freseniana — piptocephalis de Fresenius Zoopage phanera — zoopage phanera Syncephalis depressa — syncephalis déprimée	Les Zoopagomycocètes sont présents dans toute la France, mais restent très peu visibles car ce sont des champignons microscopiques, souvent parasites ou prédateurs d’invertébrés ; on les trouve dans les sols humides, les litières forestières, les tourbières, les fossés forestiers, les zones marécageuses, les prairies détrempées et les milieux riches en micro‑faune ; en Aquitaine, ils sont présents dans les landes humides, les tourbières relictuelles, les sols sableux acides, les mares forestières, les zones marécageuses du Médoc et les forêts atlantiques, où ils parasitent nématodes, rotifères, collemboles et autres micro‑invertébrés. Les Zoopagomycocètes français sont microscopiques, mesurant généralement 10 à 100 µm, parfois plus pour les thalles développés ; ils colonisent les sols humides, les débris végétaux, les micro‑habitats riches en invertébrés, les tourbières, les fossés forestiers, les mares temporaires et les zones saturées en eau ; beaucoup sont parasites ou prédateurs de nématodes, rotifères, amibes, collemboles ou larves d’insectes, tandis que d’autres sont saprophytes. Les prédateurs des Zoopagomycocètes sont principalement des micro‑organismes : protozoaires, nématodes, rotifères, collemboles, ainsi que certains micro‑arthropodes du sol ; dans les milieux aquatiques ou saturés en eau, des organismes du micro‑zooplancton peuvent consommer leurs spores ; leur reproduction rapide et leur mode de vie parasitaire compensent largement la prédation. Les Zoopagomycocètes en France regroupent environ 50 à 70 espèces connues, mais ce nombre est probablement sous‑estimé car beaucoup d’espèces sont difficiles à détecter ; les genres les plus représentés sont Zoopage, Stylopage, Piptocephalis, Syncephalis, Cystopage et Acaulopage ; la diversité est plus élevée dans les sols forestiers humides, les tourbières, les zones acides et les milieux riches en micro‑invertébrés. Le statut des Zoopagomycocètes en France est très mal connu : aucune espèce n’est officiellement protégée, mais le groupe est largement sous‑inventorié et probablement en déclin dans les milieux humides dégradés ; les principales menaces sont la disparition des zones humides, le drainage, l’urbanisation, l’eutrophisation, la pollution des sols, la réduction de la micro‑faune et les modifications hydriques liées au changement climatique ; certaines espèces parasites de nématodes pourraient être sensibles à la baisse de leurs hôtes. Les Zoopagomycocètes ne sont ni comestibles ni utilisés comme aliments, car ce sont des champignons microscopiques, sans sporophore ni structure consommable ; ils ne sont pas toxiques pour l’humain par ingestion, mais certaines espèces sont pathogènes ou prédatrices pour les micro‑invertébrés ; ils sont donc classés parmi les champignons non comestibles, sans intérêt alimentaire, et parfois pathogènes dans les écosystèmes du sol.
Mucoromycètes (env 180 esp) 1. Présence en France et en Aquitaine 2. Taille et habitat en France 3. Prédateurs 4. Variétés et nombre d'espèces en France 5. Statut en France des Mucoromycètes 6. Comestibles ou vénéneux	Mucor mucedo — mucor mucedo Mucor hiemalis — mucor hiémal Rhizopus stolonifer — moisissure du pain Rhizopus microsporus — rhizopus microscopique Lichtheimia corymbifera — lichtheimia corymbifère Absidia glauca — absidie glauque Mortierella alpina — mortierelle alpine Cunninghamella elegans — cunninghamella élégante	Les Mucoromycètes sont très largement présents en France, car ce sont des champignons microscopiques du sol, de la litière, du bois en décomposition, des matières organiques humides et des milieux riches en nutriments ; on les trouve dans les forêts, prairies, zones agricoles, composts, tourbières, fossés forestiers, grottes humides et même sur les fruits en décomposition ; en Aquitaine, ils sont particulièrement abondants dans les landes humides, les sols sableux acides, les tourbières relictuelles, les mares forestières, les ripisylves, les composts naturels et les zones agricoles atlantiques, où ils jouent un rôle majeur dans la décomposition. Les Mucoromycètes français sont microscopiques, mesurant généralement 10 à 200 µm pour les structures reproductrices, mais leurs filaments (hyphes) peuvent former des colonies visibles comme des moisissures blanches, grises ou noires ; ils colonisent les sols humides, les débris végétaux, les fruits, les matières organiques en décomposition, les fumiers, les composts, les bois pourris, les tourbières et les milieux riches en sucres ; plusieurs espèces sont saprophytes, d’autres opportunistes ou parasites. Les prédateurs des Mucoromycètes sont principalement des micro‑organismes : protozoaires, nématodes, acariens, collemboles, larves de diptères et divers micro‑arthropodes du sol ; certains champignons mycophages peuvent également consommer leurs hyphes ; dans les milieux riches en matière organique, la compétition avec les bactéries et d’autres champignons constitue une pression écologique importante. Les Mucoromycètes en France regroupent environ 120 à 150 espèces connues, mais ce nombre est probablement sous‑estimé car beaucoup d’espèces sont difficiles à isoler ; les genres les plus représentés sont Mucor, Rhizopus, Absidia, Mortierella, Umbelopsis et Backusella ; la diversité est particulièrement élevée dans les sols forestiers, les composts, les tourbières, les zones agricoles et les milieux riches en matière organique. Le statut des Mucoromycètes en France est globalement stable : aucune espèce n’est protégée, et le groupe n’est pas considéré comme menacé ; cependant, certaines espèces sont opportunistes et peuvent provoquer des infections chez les animaux immunodéprimés (mucormycoses), ce qui leur confère un intérêt sanitaire ; les principales menaces écologiques pour les espèces non pathogènes sont la pollution des sols, la disparition des zones humides, l’acidification, l’eutrophisation et les modifications hydriques liées au changement climatique ; le groupe reste très mal étudié et largement sous‑inventorié. Les Mucoromycètes ne sont pas comestibles, car ce sont des champignons microscopiques sans sporophore ; certains sont inoffensifs, mais d’autres, notamment dans les genres Mucor et Rhizopus, peuvent être pathogènes opportunistes chez l’humain et les animaux, provoquant des mucormycoses dans des contextes médicaux particuliers ; ils ne sont pas toxiques par ingestion dans la nature, mais n’ont aucun intérêt alimentaire et sont classés parmi les champignons non comestibles, parfois dangereux en milieu hospitalier.
Ascomycètes (env 10.000 esp) 1. Présence en France et en Aquitaine 2. Taille et habitat en France 3. Prédateurs 4. Variétés et nombre d'espèces en France 5. Statut en France des Ascomycètes 6. Comestibles ou vénéneux	Morchella esculenta — morille commune Tuber melanosporum — truffe noire du Périgord Peziza vesiculosa — pézize vésiculeuse Ascobolus immersus — ascobole immergé Xylaria hypoxylon — xylaire du bois Claviceps purpurea — ergot du seigle Venturia inaequalis — tavelure du pommier Erysiphe alphitoides — oïdium du chêne	Les Ascomycètes sont extrêmement présents en France, car ils constituent le plus grand groupe de champignons ; on les trouve dans les forêts, prairies, zones humides, tourbières, dunes, sols agricoles, bois morts, litières, écorces, roches, fruits, algues, lichens et même dans les milieux urbains ; en Aquitaine, ils sont particulièrement abondants dans les landes humides, les forêts atlantiques, les tourbières relictuelles, les ripisylves, les sols sableux acides, les dunes littorales, les vignobles et les zones agricoles, où ils jouent un rôle majeur dans la décomposition, la symbiose (lichens) et la fertilité des sols. Les Ascomycètes français présentent une taille très variable : de quelques micromètres pour les levures et champignons microscopiques jusqu’à plusieurs centimètres pour les morilles, pézizes, truffes ou xylaria ; ils colonisent tous les habitats : sols, bois morts, matière organique, fruits, feuilles, écorces, tourbières, zones humides, prairies, dunes, roches (lichens), milieux aquatiques et milieux anthropisés ; leur plasticité écologique est exceptionnelle. Les prédateurs des Ascomycètes incluent de nombreux invertébrés (collemboles, acariens, larves de diptères, gastéropodes), certains mammifères (sangliers, rongeurs) pour les espèces hypogées comme les truffes, ainsi que des champignons mycophages ; les spores peuvent être consommées par le micro‑zooplancton ou des protozoaires ; malgré cette prédation, leur reproduction massive compense largement les pertes. Les Ascomycètes en France regroupent environ 8 000 à 10 000 espèces connues, mais le nombre réel est probablement bien supérieur ; ce groupe inclut les morilles, truffes, pézizes, xylaria, levures, champignons microscopiques, ainsi que la majorité des lichens (symbioses avec algues ou cyanobactéries) ; les familles les plus riches sont les Pyrenomycetes, Discomycetes, Sordariomycetes, Dothideomycetes et Lecanoromycetes. Le statut des Ascomycètes en France est très variable : la plupart des espèces sont communes, mais plusieurs dizaines sont rares, menacées ou protégées, notamment les espèces des tourbières, des forêts anciennes, des dunes littorales, des zones humides et des milieux calcaires relictuels ; les principales menaces sont la destruction des habitats, l’urbanisation, la pollution atmosphérique (impactant les lichens), l’acidification, l’eutrophisation, la déforestation et le changement climatique ; certaines espèces emblématiques comme les truffes sont aussi affectées par la modification des sols et la sécheresse. Les Ascomycètes comptent des espèces comestibles, toxiques et mortelles ; parmi les comestibles figurent les morilles, truffes, pézizes orangées (certaines), et de nombreuses levures utilisées en alimentation ; parmi les toxiques, on trouve les Gyromitra (fausse morille), certaines pézizes, et des espèces microscopiques produisant des mycotoxines ; certaines espèces sont mortelles si consommées crues (morilles crues, Gyromitra) ; la majorité des Ascomycètes microscopiques ne sont ni comestibles ni dangereux, mais certains produisent des toxines (ergot du seigle, moisissures productrices d’aflatoxines) ; c’est donc un groupe extrêmement hétérogène, allant du gastronomique au toxique sévère.
Basidiomycètes (env 6.000 esp) 1. Présence en France et en Aquitaine 2. Taille et habitat en France 3. Prédateurs 4. Variétés et nombre d'espèces en France 5. Statut en France des Basidiomycètes 6. Comestibles ou vénéneux	Amanita phalloides — amanite phalloïde Boletus edulis — cèpe de Bordeaux Russula cyanoxantha — russule charbonnière Lactarius deliciosus — lactaire délicieux Agaricus campestris — rosé des prés Pleurotus ostreatus — pleurote en huître Ganoderma applanatum — ganoderme aplani Trametes versicolor — tramète versicolore Boletus edulis — Cèpe de Bordeaux Boletus reticulatus — Cèpe d'été Boletus aereus — Cèpe bronzé Boletus pinophilus — Cèpe de pins	Les Basidiomycètes sont omniprésents en France, car ils regroupent la majorité des champignons “classiques” à chapeau : cèpes, bolets, amanites, russules, lactaires, polypores, cortinaires, clavaires, etc. ; on les trouve dans les forêts feuillues, forêts de conifères, landes, prairies, dunes, tourbières, ripisylves, parcs urbains et sols agricoles ; en Aquitaine, ils sont particulièrement abondants dans les forêts de chênes, pins maritimes, landes humides, dunes littorales, tourbières relictuelles, forêts du Médoc, ripisylves de la Garonne et zones agricoles atlantiques, où ils jouent un rôle majeur dans la décomposition et les symbioses mycorhiziennes. Les Basidiomycètes français présentent une taille extrêmement variable : de quelques millimètres (mycènes, marasmes, coprins) à plusieurs dizaines de centimètres (cèpes, polypores, lépiotes, clavaires géantes) ; ils colonisent tous les habitats : sols forestiers, bois morts, litières, prairies, dunes, tourbières, zones humides, pelouses calcaires, parcs urbains, troncs vivants (parasites) et milieux anthropisés ; beaucoup sont saprophytes, d’autres mycorhiziens (cèpes, bolets, amanites), d’autres encore parasites (armillaires, polypores lignivores). Les prédateurs des Basidiomycètes incluent de nombreux invertébrés (limaces, escargots, larves de diptères, coléoptères, acariens, collemboles), certains mammifères (sangliers, chevreuils, rongeurs), des oiseaux (geais, corneilles), ainsi que des champignons mycophages ; les spores sont consommées par le micro‑zooplancton, les protozoaires et divers micro‑invertébrés ; malgré cette prédation, leur reproduction massive assure leur maintien. Les Basidiomycètes en France regroupent environ 8 000 à 12 000 espèces connues, mais le nombre réel est probablement supérieur ; ce groupe inclut les bolets, cèpes, amanites, russules, lactaires, polypores, clavaires, cortinaires, lépiotes, coprins, agarics, pleurotes, tramètes, hydnes, etc. ; les familles les plus riches sont les Agaricaceae, Boletaceae, Russulaceae, Cortinariaceae, Polyporaceae et Hygrophoraceae. Le statut des Basidiomycètes en France est très variable : la plupart des espèces sont communes, mais plusieurs centaines sont rares, menacées ou localisées, notamment dans les tourbières, forêts anciennes, pelouses calcaires, landes humides, dunes littorales et forêts relictuelles ; les principales menaces sont la destruction des habitats, l’urbanisation, la pollution atmosphérique, l’acidification, l’eutrophisation, la déforestation, la gestion forestière intensive et le changement climatique ; certaines espèces emblématiques comme les cèpes sont sensibles aux sécheresses estivales et aux modifications du sol. Les Basidiomycètes comptent des espèces excellentes comestibles (cèpes, girolles, pleurotes, pieds‑de‑mouton, coulemelles), des espèces toxiques (clitocybes, entolomes), et des espèces mortelles (amanite phalloïde, amanite vireuse, galerine marginée) ; c’est le groupe qui contient le plus grand nombre de champignons consommés en France, mais aussi les plus dangereux ; la règle est simple : ne jamais consommer un basidiomycète sans identification certaine, car les confusions peuvent être fatales ; la majorité des espèces restent non comestibles, sans intérêt culinaire, ou trop fibreuses.